La visita al Museo prende avvio nell’atrio, ove sono conservate le evidenze archeologiche e architettoniche relative alle diverse successioni cronologiche del palazzo, riportate in luce durante i lavori di restauro.
Il primo vano corrispondeva, nell’edificio quattrocentesco, ad un cortile attorno a quale si sviluppavano gli ambienti domestici. Attraverso un ampio arco di mattoni a vista impostato su pilastri di marmo con basamenti e capitelli – ancora oggi visibile – si accedeva a un secondo piccolo cortile.
Una doppia coppia di colonne in marmo rosso di Verona, con capitelli a fogliame d'acanto, delimita il terzo vano dell'atrio, dal quale si accede allo scalone che immette nel Museo.
Particolarmente degno di note è il soffitto ligneo del XV secolo presente nell’ultimo vano
